Perre Antik Kent’te ki kazılar çalışmaları mozaikli alanın doğusunda yer alan kutsal alanda yürütülüyor. 2009 yılında ara verilen ve 2020 yılında başlanılan kazı çalışmaları yeni bir bölgede başlatıldı. Daha önce merdivenli ve üzüm işçiliğinin bulunduğu bölgede yürütülen kazı çalışmaları, mozaik tabanlı bazilikanın güney doğu köşesinde bulunan yer altı kutsal alanda başlatıldı. Daha önce bulunan kutsal alanda iki odadan oluşan ve ana girişin karşı duvarında kanatları açık şekilde betimlenmiş üç kartal kabartması yer alıyor. Kabartmanın altında dört satırdan oluşan Yunanca yazıtta "Theoteknos’un oğlu theoteknos’a (daha önce verdiği) söz ( adak) uyarınca tanrı Patroos’a adadı" yazmaktadır. İkinci odanın giriş kapısının hemen yanındaki başka bir yazıtta "Philippos oğlu Gaianus hatırlan " yazıyor. Bu kutsal alanın önünde yapılan çalışmalarda kesme blok taş ve moloz taşlarla örülmüş duvarlar açığa çıkarıldı. Bu duvarlarda pencere ve kapı açıklıkları açığa çıkarılırken, pencere açıklığının bulunduğu duvarın yanında iki adet kandil bulundu. Kandillerin ucunda hala yanma izleri görülürken, mekan içinde iki adet sütun altlığı da ele bulundu. Açığa çıkarılan bu sütun altlıkları ve kesme blok taşların hemen üstünde bulunan mozaik tabanlı bazilika ya ait mimari öğeler olduğu tahmin ediliyor. Kazılarda ele geçen bulgulardan yer altı kutsal alanının sonraki dönemlerde yaşam alanı olarak kullanıldığı, bu kullanım İslami dönemde de devam ettiği gözlemlendi.